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生物多樣性公約的最高權力機構是締約方大會（COP），它由批準公約的各國政府（含地區經濟一體化組織）組成，這個機構檢查公約的進展，為成員國確定新的優先保護重點，制定工作計劃。COP也可以修訂公約，建立顧問專家組，檢查成員國遞交的進展報告并與其它組織和公約開展合作。

　　COP可以從公約建立的其它機構獲得專業知識和支持，如：

　　科學、技術和工藝咨詢附屬機構(SBSTTA)  SBSTTA是由來自成員國相關領域的專家組成，它在向COP提供科學和技術問題建議方面起著關鍵作用。

　　資料交換所機制 是基于因特網的促進科技合作和信息的網絡。

　　秘書處 設在加拿大的蒙特利爾，與聯合國環境署緊密聯系，主要職能是組織會議、起草文獻、協助成員國履行工作計劃、與其它國際組織合作，收集和提供信息。此外，COP在其認為適當時可成立專門委員會或機制，COP于1996至1999年間成立了生物安全工作組，并成立了土著知識和地方社區工作組。

　　全球環境基金（Global Environment Facility） 發展中國家在開展與公約有關活動時可以從公約的財務機制中獲得資助，如GEF。由聯合國環境規劃署（UNEP）、聯合國開發計劃署（UNDP）和世界銀行支持的GEF項目在四個對全球環境具有重大作用的領域促進國際合作并提供資助：生物多樣性的喪失、氣候改變、臭氧層耗竭和國際水資源的衰竭。到1999年末，GEF為120個國家的生物多樣性項目提供了近10億美元的資助。