中科院西雙版納熱帶植物園的一項研究表明，臺灣與云南具有極高的植物區系類似性，二者的植物區系在科上的相似性為95.8%，在屬上的相似性為85.9%。

　　云南與臺灣分別位于中國的兩翼, 它們的生物地理研究在揭示東亞植物區系演化上具有重要意義。中科院西雙版納熱帶植物園朱華研究員對云南和臺灣的野生種子植物進行了生物地理比較研究，發現盡管云南植物區系遠比臺灣植物區系多樣化，但它們的植物區系組成特征和地理成分非常類似。云南與臺灣植物區系在科上的相似性為95.8%，在屬上的相似性為85.9%, 在植物區系組成和地理成分上，臺灣與云南植物區系之間有超乎我們常規認識的類似性。

　　研究還發現，云南植物區系具有一個更古老的歷史，臺灣植物區系在形成與發展上卻相對年輕。臺灣植物區系的主體是中國的大陸植物區系，它與云南植物區系一樣，喜馬拉雅隆升支配了它們的共同演化。晚第三紀喜馬拉雅隆升及相應的地質板塊運動顯著影響了云南植物區系的演化與發展，特別是第三紀印度支那板塊向東南的逃逸使得熱帶亞洲成分在云南得以發展。盡管臺灣在緯度和氣候上與云南類似，顯然熱帶亞洲成分并沒有對臺灣植物區系有大的貢獻。