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國際生命條形碼植物工作組就植物DNA條形碼研究形成新共識

http://www.m.duofu365.com 2016-08-03 來源：中科院昆明植物所作者：發表評論(0)

　　DNA條形碼是利用標準DNA片段對生物物種進行快速鑒定的新技術，由加拿大科學家Paul Hebert于2003年正式提出，近年來已發展成為生命科學和生物技術領域的研究熱點。2008年，我國正式加盟國際生命條形碼研究計劃（iBOL）。2009年，在中國科學院依托大科學裝置開放研究等項目的支持下，李德銖研究員帶領研究團隊發起和實施了中國維管植物DNA條形碼計劃。經過兩年的共同努力，提出了植物條形碼新標準（Lietal.,2011）。2013年，“第五屆國際生命條形碼大會”在昆明召開，會議發布了《關于促進DNA條形碼和生物多樣性科學的昆明宣言》，并舉辦了“DNA條形碼信息學與實驗技術國際培訓班”。與此同時，基于新一代測序技術，該研究團隊進一步發展了細胞器條形碼（Organelle-barcode）的研究內涵和物種鑒定的關鍵技術（Yangetal.,2013）。目前，該研究團隊正在進一步完善中國維管植物屬級水平的條形碼物種鑒定的參考數據庫，并對疑難類群開展了超級條形碼（葉綠體全基因組和核糖體大亞基）、微條形碼（mini-barcode）和微衛星分子標記的測試與評價，積極探索構建微管植物DNA條形碼2.0（Plant DNA Barcode2.0）。

　　基于DNA條形碼研究和新一代植物志iFlora方面取得的研究進展，在中國與國際生命條形碼計劃合作備忘錄的框架下，李德銖研究員與國際生命條形碼計劃科學指導委員會主席Peter Holling sworth教授開展了深入合作。近日，在2015年第六屆國際生命條形碼大會報告的基礎上，Holling sworth教授和李德銖研究員等在英國皇家學會著名學術刊物（Philosophical Transactions of the Royal Society B）發表了植物DNA條形碼的專題綜述。文章回顧和總結了近年來國際上植物核心條形碼應用于物種發現、分類學、植物區系和生態學等領域取得的重要進展；分析和探討了核心條形碼在物種鑒定成功率、局限性和可能的影響因素。進一步指出隨著新一代測序技術的發展，擴增子測序（amplicon sequencing）、葉綠體基因組測序（plastid genome sequences）、靶向富集（targeted enrichment）、基因組淺層測序（genome skimming）等方法的涌現，應積極規劃DNA條形碼未來的發展方向，并提出新的共識：（1）繼續推進植物核心DNA條形碼參考數據庫的構建；（2）為補充核心條形碼物種分辨率有限的問題，在正式確定植物DNA條形碼2.0研究計劃前，今后將重點關注和研究兩個方面的內容，即基因捕獲核基因（genome capture of nuclear markers）和基因組淺層測序（genome skimming）。由于基因組淺層測序數據可以兼容植物核心DNA條形碼序列、細胞器條形碼和核糖體大亞基序列，文章建議在下一步的工作中要給予特別重視。為了實現對絕大部分陸生植物的準確鑒定，倡議進一步深化國際合作，以推動植物DNA條形碼新工作流程的建立。

　文章鏈接為Holling sworth PM, Li D-Z, van der Bank M, Twyford AD. 2016. Telling plant species apart with DNA: from barcodes to genomes. Phil. Trans. R. Soc. B 371: 20150338. （http://rstb.royalsocietypublishing.org/content/371/1702）。該研究得到了國家重點基礎研究發展計劃（2014CB954100）和中國科學院大科學裝置開放研究項目（2009-LSFGBOWS-01）的資助。

　　DNA條形碼在物種發現、分類學、植物區系和生態學等領域的應用范例。

國際生命條形碼植物工作組就植物DNA條形碼研究形成新共識