外城西南角和東南角各保存有一所寺院。西南角寺院由大門、庭院、講經堂、藏經樓、大殿、僧房等組成。從建筑特征和殘存壁畫上的聯珠紋圖案分析，其建筑年代約在公元六世紀。寺院附近還殘存一些“坊”、“市”遺址，可能是小手工業者的作坊和商業市場。東南角寺院，保存有一座多邊形的塔和一個禮拜窟（支提窟），是城內唯一保存有較好壁畫的地方。從壁畫的風格和塔的造型分析，為回鶻高昌后期（公元12-13世紀）的建筑。

　　內城北部正中有一平面不規則略呈正方形的小堡壘，當地叫“可汗堡”。建筑規模雖不大，但與交河故城現存唐代最豪華的一所官署衙門建筑形式相同，此處曾出土過一方“北涼承平三年(445)沮渠安周造寺功德碑”。沮渠安周是在高昌建立流亡政權的北涼王，據該碑推斷，此堡可能是一處宮殿遺址。

　　高昌城北面原是一片茫茫戈壁，居民死后大都葬在這里。整個墓群從城東北一直延伸到城西北，東西長約五公里，南北寬兩公里，占地十平方公里左右。本世紀初以來，在這里發掘清理墓葬五百多座，出土文書、絲毛棉麻織物、墓志、錢幣、泥塑木雕俑、陶木器皿、繪畫、農作物、瓜果食品等各種歷史文物，數以萬計。

　　高昌故城自公元前一世紀建高昌壁，到十三世紀廢棄，使用了一千三百多年。始建時間距今已有兩千多年了。它是吐魯番地區千年滄桑的見證。