在國家基金項目(NO.40771073)的資助下，中國科學院昆明植物研究所孫航研究組從植物區系層面、類群層面和物種種群層面三個層次入手，從時間和空間上對橫斷山植物區系及生物地理學特征進行了系統研究。主要研究進展和結果如下：（1）發現了橫斷山3500-3900米是物種垂直梯度分布帶（每百米帶）物種豐富度是最大的。而總體上在海拔3000-4000米段物種最豐富海拔范圍，是橫斷山區植物多樣性劇烈分化或輻射進化的重要場所。（2）對橫斷山植物區系進行了定量的分析，確立了北緯29度線是橫斷山南北植物區系的分界線，指出橫斷山南段植物區系擁有橫斷山總面積的40%，但確擁有80%以上的物種和特有種，是中國喜馬拉雅植物區系的核心，建議橫斷山在植物區系區劃上可以分為南北2個亞區。該研究還完成了中國自然地理系列專著《植物地理》（植物區系地理）的編寫并交出版社。（３）橫斷山植物區系起源是多源的（有古地中海、北半球高緯度和就地起源）；（４）形成的時間也是多階段的，但大多是在（大約在中新世-上新世）；（５）同時，研究還表明該區植物區系在地質歷史上通過白令陸橋，或者是更早通過北大西洋路橋相互間有交流；而長距離傳播可能是較年輕間斷形成的重要方式。（６）橫斷山地質環境變化對橫斷山植物分布格局的影響，不僅體現在高原和山脈以及氣候變化上，而且也體現在河流水系的變遷上。河流和水系的變遷可導致連續的分布格局變成間斷或是間斷分布變成連續，對植物分布格局以及新種系的產生同樣有重要的作用。(７) 橫斷山高山植物進化過程中形成棉毛結構等，具有多重的生態適應功能，能保證這些植物能在高山極端環境和短暫的生長周期中順利完成生長繁育。

　　共發表國際SCI期刊15篇，在JCR 30% Top Journal中發表４篇，其中包括American Journal of Botany、Molecular Phylogenetic and Evolution、Taxon等著名期刊；專著2部。此外，項目研究還采集了植物標本5000余號，積累和豐富了植物學研究的基礎資料；培養了７名研究生。

　　通過該項目的研究，積累了豐富的資料，在研究橫斷山區植物區系等方面已形成了特色，在該區域植物區系地理學等領域的研究已在國內外形成了廣泛的影響，形成了獨特的優勢。本項目2010年度已經結題，在昆明植物所組織的國家基金項目結題驗收會中綜合評價為優秀。