在播種或扦插前對苗圃土壤進行消毒，可有效消滅病菌，確保苗木安全。效果較好的方法有以下六種：

　　一、五氯硝基苯消毒 每平方米苗圃地用75%五氯硝基苯4克、代森鋅5克，混合后，再與12公斤細土拌勻。播種時下墊上蓋，防治炭疽病、立枯病、猝倒病、菌核病等有特效。

　　二、福爾馬林消毒 每平方米苗圃用福爾馬林50毫升加水10公斤均勻地噴灑在地表，然后用草袋或塑料薄膜覆蓋，悶10天左右揭掉覆蓋物，使氣體揮發，兩天后可播種和扦插。防治立枯病、褐斑病、角斑病、炭疽病效果良好。

　　三、波爾多液消毒 每平方米苗圃地用等量式（硫酸銅、石灰、水的比例為1∶1∶100）波爾多液2.5公斤，加賽力散10克噴灑土壤，待土壤稍干即可播種扦插。對防治黑斑病、斑點病、灰霉病、銹病、褐斑病、炭疽病效果明顯。

　　四、多菌靈消毒 多菌靈能防治多種真菌病害，對子囊菌和半知菌引起的病害防治效果好。土壤消毒用50%可濕性粉劑每平方米拌1.5克，可防治根腐病、莖腐病、葉枯病、灰斑病等。也可按照1∶20的比例配制成毒土撒在苗床上，能有效防治苗期病害。

　　五、硫酸亞鐵消毒 用3%溶液處理土壤，每平方米用藥液0.5公斤，可防治針葉花木的苗枯病，桃、梅縮葉病，兼治花卉缺鐵引起的病。

　　六、代森銨消毒 代森銨殺菌力強，能滲入植物體內，在植物體內分解后還有一定肥效。用50%水溶代森銨350倍液，每平方米苗圃土壤澆灌3公斤稀釋液，可防治花卉的黑斑病、霜霉病、白粉病、立枯病和球根類種球的多種病害。