百合線蟲病病原大致分為芽和葉線蟲及根蝕線蟲。芽和葉線蟲主要危害東方百合，使植株頂端發生枯梢，葉片由正常綠色逐漸變成黃色斑塊而褪色，最后呈暗褐色壞死。線蟲主要生活在鱗莖上，受線蟲侵害的鱗莖可產生“瞎”芽，這種芽不能形成花蕾。根蝕線蟲主要危害百合葉片，受害植株葉片提前發黃，并嚴重矮化，根部出現許多死斑和傷口。生長季末期，根蝕線蟲危害的鱗莖，如果受腐生性真菌的危害，就會造成根系全毀。防治方法是在種植前幾天，將百合鱗莖在50℃溫水中浸30分鐘或在43℃溫水中加入0.5％的福爾馬林浸3至4小時。處理時應認真控制溫度，若溫度過低，則達不到處理效果；溫度過高，在發芽之后葉尖會發焦變褐。發現病葉、病蕾和病花，應及時摘除并集中燒毀。應定期用殺線酯或西維因等藥劑噴灑植株。采取輪作至少隔2年。